Akatsuki (bedeutet "Dämmerung") ist eine Organisation von Krimminellen. Alle Mitglieder sind Verbrecher, die ihre Heimatdörfer hintergangen haben und sich zusammengeschlossen haben. Der Sinn der Organisation ist im Endeffekt die Weltherrschaft. Akatsuki wird zuerst während dem 1.Teil von Naruto vorgestellt, nimmt aber erst im 2.Teil, in Naruto Shippuuden eine wichtige Rolle ein.
 

Akatsuki hat zu keiner Zeit mehr als 10 Mitglieder. Es ist kein Kriterium bekannt um in die Organisation einzutreten, doch alle bekannten Mitglieder haben ihre Beziehungen zu ihren Heimatstädten abgelegt und sind als S-Klasse Kriminelle eingetragen, die gefährlichsten und meistgesuchten Personen der Serie.

Mitglieder von Akatsuki arbeiten grundsätzlich in Zweier-Teams. Die Teams werden erstellt um die einzelnen Fähigkeiten und Talente der Mitglieder zu vervollständigen und ein perfektes Duo zu kreieren. Hidan und Kakuzu zum Beispiel nutzen Hidan's Unsterblichkeit zu ihrem Vorteil indem Kakuzu Fernkampfangriffe auf jene einsetzt, die von Hidan festgehalten werden. Hidan überlebt diese Angriffe, was für die Gegner fatal ist. Zetsu bildet eine Ausnahme, er arbeitet immer alleine. Auch Mitglieder, deren Partner verstorben sind, arbeiten alleine, bis ihnen ein neuer Partner zugeteilt wird. Die Mitglieder entwickeln eine Art Beziehung zu ihren Partnern, die eine Loyalität zum Partner schafft. Allerdings kümmern sich die Mitglieder nicht um die Schicksale ihrer Partner, ihr Interesse gilt dann lediglich dem, der stark genug war, ihn zu töten.

Akatsuki ist eine weit verbreitete Organisation, dessen Mitglieder durchgehend zwischen den Ländern hin- und herreisen. Ihre zahlreichen Agenten sind in vielen Dörfern auf der ganzen Welt verbreitet. Diese Agenten arbeiten jeweils für einzelne Mitglieder aus verschiedensten Gründen: Sasori hat einige Agenten in einem Zustand der Gedankenkontrolle, um sie als Spione einzusetzen. Kakuzu hingegen hat eine Gruppe von Leuten, die sich um seine Finanzen kümmern. Weil die einzelnen Mitglieder oft weit von einander entfernt sind, ist ein persönliches Treffen nur schwer möglich. Dafür können sie über eine Form der Telepathie miteinader kommunizieren. Auch können sie Sitzungen halten, bei denen die abwesenden Mitglieder als Projektion anwesend sind. Im zweiten Teil der Serie finden solche Treffen häufiger statt, bedingt durch ihre erhöhte Aktivität.

Akatsuki arbeitete anfänglich im Verborgenen, vollzog Attentate und Spionage, ohne großes Aufsehen zu erregen. Manche Mitglieder benutzen ihre Stellung in Akatsuki, um ihre eigenen Ziele zu erreichen: Kakuzu zum Beispiel trat der Organisation bei, da es so für ihn einfacher war, Geld zu verdienen. Einige Zeit nach dem Start der Serie allerdings wird Akatsuki erheblich aktiver. So erledigen die Mitglieder die Aufgaben, die ihnen zugeteilt werden, um ihr ultimatives Ziel zu erreichen: Herrschaft über die Welt von Naruto. Der Leiter der Organisation, Paine hat einen 3-stufigen Prozess entwickelt, um zu diesem Ziel zu gelangen. Zuerst wollen sie eine hohe Summe an Geld sammeln, um ihre Organisation zu finanzieren. Danach wollen sie eine Söldnergruppe aufstellen, die einzig und allein Akatsuki treu ist. Um einen guten Ruf zu erlangen, haben sie vor, jede Art von Mission anzunehmen, weit unter den üblichen Kosten, und führen diese durch das im 1. Schritt erhaltene Kapital durch. Da es keine Kriege in der letzten Zeit gegeben hatte, können sich die Ninjadörfer es sich nicht leisten, so wenig Geld zu verlangen. Daher heuern die kleineren Dörfer Akatsuki statt die Ninja der teuren Ninjadörfern an. Durch die Bijuu kann Akatsuki jederzeit Kriege anfangen und sofort wieder beenden, um dadurch ihren guten Ruf noch zu verstärken und jedes Land von ihnen abhängig zu machen. Da die Ninjadörfer nun keine Arbeit mehr hätten, würden sie an mangelndem Kapital zugrunde gehen. Und da Akatsuki nun die einzige größere Ninja-Macht wäre, könnten sie ohne Probleme die anderen Länder erobern. Obwohl dieser Plan so gewaltig und hefig ist, wissen nicht alle Mitglieder beim Eintritt in die Organisation davon: Hidan fand es erst heraus, nachdem er einige Zeit Mitglied war.